A história desta linda catedral se confunde com o próprio nascimento da Rainha da Fronteira. Foi em seu entorno que, a partir de um acampamento militar, desenvolveu-se um pequeno vilarejo, posteriormente dando origem à cidade de Bagé, fundada oficialmente em 17 de julho de 1811.
Resumidamente, a construção da atual igreja teve início em 1862, no local onde anteriormente existia outra capela que homenageava o mesmo santo, finalizando-se a primeira parte da obra em 1878. O projeto da matriz foi elaborado e executado pelo arquiteto José Obino.
Alguns acontecimentos importantes - relacionados à matriz - merecem destaque, todos eles extraídos do livro "Inventário Cultural de Bagé", da médica e escritora Elizabeth Macedo de Fagundes, conforme segue:
- Além dos auxílios dos cofres provinciais, donativos de fiéis, quermesses, entre outros, a construção recebeu 12 contos de réis de Carlos Martins. Ele condicionou esse auxílio a ter seu túmulo na base de uma das torres da igreja. Em 4 de setembro de 1862, Dom Sebastião Dias de Laranjeira deu a autorização. Permanece até hoje, na base da torre direita, o jazigo perpétuo da família Martins.
- Estão sepultados, além do casal Martins, seu filho Gaspar Silveira Martins e o General Carlos Telles.
- O magnífico relógio de escape e repetição e os sinos foram presentes do comerciante espanhol Rabon Galibern, durante viagem de regresso da Espanha, e levaram mais de um ano para chegar na cidade. Foram finalmente instalados em 1872.
- O Movimento Abolicionista obteve vitória com a extinção da escravidão em Bagé. E foi na Matriz de São Sebastião que o Cônego Bittencourt, um dos líderes do movimento, entoou solene "Te Deum".
- Em 20 de fevereiro de 1885, Bagé recebeu importante visita: a da Princesa Isabel, que veio encontrar-se com seu esposo, o Conde D'Eu, que procedia de Saicam, onde participara de manobras militares. Os visitantes foram recebidos na Igreja de São Sebastião, pelo vigário da paróquia, que entoou Te Deum em ação de graças. A Princesa doou a importância de duzentos contos de réis, para ser distribuído "aos pobres, cegos e aleijados".
- Na Revolução Federalista, em 1893, a Matriz de São Sebastião foi palco do "Sítio de Bagé". As forças revolucionárias, pretendendo tomar a cidade, obrigaram os legalistas republicanos, comandados pelo Coronel Carlos Teles, a armar a defesa na Praça da Matriz. O templo transformou-se em Hospital de Sangue e junto às paredes laterais sepultavam-se os mortos.
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